Wraz z kolejnymi wystawami rosły zbiory własne galerii, liczące obecnie prawie 230 dzieł. To stosunkowo niewielka, ale reprezentatywna kolekcja, obrazująca bogaty dorobek artystyczny krakowskiego środowiska ostatnich trzech dekad. Jej reprezentatywność, paradoksalnie, polega na programowym odrzuceniu autorskich kryteriów doboru i otwartości na bardzo różne propozycje artystyczne. Wynikało to z naturalnej w przypadku publicznej instytucji, jaką jest Nowohuckie Centrum Kultury, otwartości na różne środowiska i nurty artystyczne. Na zbiory własne Galerii składają się dzieł darowane przez artystów, jak też prace przekazane NCK w latach osiemdziesiątych oraz w roku 2005 przez Urząd Miasta Krakowa.